نایین که زمانی تابع یزد بود  درسال ۱۳۲۷ هجری شمسی در محدوده اداری اصفهان جای گرفت و  رسماً شهرستان اعلام شد و بخشداری آن به فرمانداری تبدیل گشت.

تقسیمات کشوری:
این شهرستان در حال حاضر شامل دو بخش مرکزی و انارک سه منقطه شهری به نام نایین، بافران و انارک و پنج دهستان می‌باشد.

 

بخش مرکزی شهرستان نایین:
شهر نایین
دهستان کوهستان به مرکزیت روستای بلان.

دهستان بهارستان به مرکزیت روستای کجان.

دهستان لای سیاه به مرکزیت روستای هماباد.

بخش انارک:
شهر انارک

دهستان چوپانان به مرکزیت روستای چوپانان.
شهر بافران
دهستان بافران

جمعیت:

بنابر سرشماری مرکز آمار ایران، جمعیت شهرستان نایین در سال ۱۳۹۵ برابر با ۳۹۲۶۰ نفر بوده‌است
بر همین اساس جمعیت شهر نایین ۲۷۳۷۹ نفر ،جمعیت شهر انارک ۱۹۰۳ نفر ، جمعیت شهر بافران ۱۹۷۸ نفر و جمعیت نقاط روستایی شهرستان نایین ۸۰۰۰ نفر بوده است.